Problemas Fisicos
Aunque los problemas físicos no predominan en este síndrome, ciertamente existen ciertas limitaciones.
Pueden ocurrir las siguientes limitaciones físicas:

Exceso de peso
La mayoría de las personas con síndrome de Chung-Jansen tienen sobrepeso o son obesas. Actualmente no está claro por qué sucede esto. Puede haber una relación entre la proteína PHIP y la vía leptina-melanocortina que es importante para la saciedad y el equilibrio energético. Además, también podría ser causado por los efectos secundarios del uso de medicamentos.

Bajo tono muscular (hipotonía)
En la infancia, rápidamente queda claro que ciertos hitos se alcanzan más tarde que el niño promedio. Por ejemplo, no poder levantar el cuello correctamente en posición prona, tener dificultad para darse la vuelta, sentarse, gatear, ponerse de pie y caminar. Una vez que el niño sea capaz de caminar, las habilidades motoras gruesas seguirán siendo un desafío, ya que los niños suelen tener un patrón de marcha rígido y se fatigan con facilidad. Por lo general, los hitos importantes como el ciclismo y la natación se lograrán más tarde.

Trastorno ocular
A menudo existen anormalidades de los ojos. Esto incluye estrabismo, mala visión y cataratas. Los niños a menudo usan gafas y, debido a un ojo vago, se puede recomendar un parche en el ojo.

Problemas gastrointestinales
Otro problema común es el estreñimiento. Los intestinos funcionan más lentamente, lo que dificulta que muchos niños vayan al baño y aprender a ir al baño es más difícil.

Problemas en los huesos
Algunos niños nacen con una anomalía en la cadera, que se denomina displasia de cadera. A menudo, la cabeza y la cavidad femorales no están bien formadas y se necesita un separador o cirugía para colocar la cadera correctamente. Debido al bajo tono muscular, existe el riesgo de escoliosis a medida que los niños crecen. Esto implica una curvatura lateral de la columna vertebral. Varias personas tienen hiperlaxitud de las articulaciones, lo que puede causar dolor y aumentar la fatiga.

Anormalidad y problemas con los riñones
Las infecciones del tracto urinario ocurren con frecuencia en niños pequeños. Algunas personas tienen anomalías congénitas de los riñones, como un riñón en herradura, donde los riñones han crecido juntos o personas nacidas con un riñón. Otros problemas que pueden ocurrir son: alta concentración de calcio en la orina, piedras renales, hinchazón del riñón por acumulación de orina.